SpamAssassin établit un score, plus ou moins élevé selon les éléments reperés par l’analyse. Quant le score passe un certain seuil, SpamAssassin juge le message comme étant probablement du spam, et le marque en conséquence (par l’ajout de lignes ‘X-Spam-Status’ et ‘X-Spam-Flag’ dans l’en-tête). Un autre seuil, plus élevé, établit avec certitude la nature de ’spam’ du message, qui est alors supprimé. À noter que SpamAssassin est aussi capable d’apprendre de ses erreurs grace au filtre bayesien.